台中二中毕业后，王晓波考入台湾大学哲学系，成为著名逻辑学家、哲学家殷海光门下弟子。上世纪70年代日本在美国操纵下恣意侵占钓鱼岛，引发全球各地华人抗议，当年10月，王晓波在《中华杂志》写下“保卫钓鱼台”文章，催生了台湾的保钓运动。马英九表示，台湾保钓运动就是从王晓波开始，他是大家的精神领袖。
马英九：他（王晓波）对台湾有非常大的贡献。台湾的保钓运动，可以说就是他开始的。也因为这样的关系，他成为大家一个精神的领袖。
马英九年，王晓波获得硕士学位，留在台大哲学系担任讲师。因在台大校园宣传自由主义、介绍保钓运动，王晓波卷入“台大哲学系事件”，被国民党当局以所谓“为匪宣传”的罪名拘留问讯，不得不在年离开台大。直到一九九七年，哲学系事件获平反后，王晓波才复职重返台大授课。
王晓波的政治立场鲜明，年后，先后参与创办以反对所谓“台湾独立”、促进中国民族统一等为宗旨的《夏潮》杂志、夏潮联谊会，曾与已故作家陈映真创立“中国统一联盟”，并担任副主席，强力主张“中国统一”。
王晓波生前受访（）：中国是台湾人民的血脉渊源，中国是台湾人民不可侮辱的尊严。两岸统一在我们看来，其实是台湾最大的政治利益。
身为著名的哲学及历史学者，几十年来，王晓波深入研究中国哲学与台湾史，尤其是台湾近代史，著有《台湾史论集》、《台湾抗日五十年》、《台湾史与台湾人》、《台湾意识的历史考察》等，不断挖掘、弘扬台湾人民的抗日事迹和爱国爱乡土的光荣传统，一生都在推动台湾与中国文化的连结，强化中华文化在台湾的传承发展。年，王晓波创立《海峡评论》杂志并担任总编辑，长期旗帜鲜明反对“台独”，反对岛内“去中国化”历史教育，积极推动两岸和平统一，被各界视为“台湾统派的一面旗帜”。
王晓波生前受访（）：我们台湾统派就是这样，我们台湾的爱国主义者，我们在这个时候，我们是一向希望两岸能够和平统一，中国能够民族复兴。我们在台湾苦心孤诣守着时间，看着中国（大陆）的崛起。到今天我们也可以这么说，祖国没有辜负我们。